（Sigma，译为西格玛、释玛）在将太空殖民地“欧拉西亚”引下地球并坠落。 X 与Zero一同力战∑，最后Zero和∑互相向对方放出致命一击。大难不死的 X 手持好友的Zero剑，继续守护地球的和平和帮助进行复兴计划。灾难过后，地上的环境变得荒芜，人类亦转到地下居住，由思考型机器人和重工型机器人负责重建工作。

     “欧拉西亚”坠落处旁的沙漠上，站着一位穿着白袍的思考型机器人──基特，对这太空殖民地的广大遗迹感到好奇的同时，他发现了一块与别不同旳碎片，决定把它带回研究所分析。一星期后，基特在研究所中发现该碎片拥有巨大力量，并开始加以利用……

     “欧拉西亚事件” 后三个星期，休息中的 X 被艾莉亚叫醒，到“欧拉西亚”坠落处阻止一部故障的重工型机械。该巨型作业机械被打败后发生爆炸，说时迟那时快，一个与Zero极之相似的紫色身影降临于 X 的面前，一剑将那机械的残骸斩至粉碎，再一言不发地离开现场！“Ze……Zero？！” X 与艾莉亚不敢相信刚才发生的事，但危机又再次迫近──一名自称 High Max 的神秘思考型机器人紧随紫色的零到场， X 不满他中伤Zero为一恶梦（Nightmare），并且挑起战斗。 High Max 的防御力太强，他将 X 置储不理，亦叫 X 不要插手。

     及后不久，基特的助手艾索克发表公开演说，声称“恶梦”现象日益濒繁，而Zero的出现是当中的因由，有见及此，基特将会建立一个脱离“恶梦”的国度，并且派出八位调查员去搜集“恶梦Zero”的资料。 X 对基特的动机深感怀疑，决定闯进调查区域去“调查这场调查”……